菲律宾在西班牙占领之前在黄岩岛的活动不可考。根据菲律宾媒体报道,一个菲律宾议员 Edgardo J. Angara出示了一些古地图,在西班牙殖民菲律宾之后,黄岩岛就开始出现在文献和地图上。,显示在一份1734年的地图(Carta hydrographica y chorographica de las Islas Filipinas)上已经记载了黄岩岛(当时叫Panacot Shoal),在之后到20世纪的不同地图中,也把黄岩岛视为菲律宾的一部分。直到1939年的菲律宾人口统计的地图上也列有黄岩岛。(这些有待我一一查证,网上的地图太小,根本看不清。好在有地图的名字就可以检索了。一些声称在地图上“出现”的东西,往往并不是能够证明主权归属。中国绝大部分作为证据支持西沙和南沙主权的古地图都有这个问题。这些往往取决于分析者的屁股。我力求用同一个标准出发审视各方面的地图证据。)但是同时也必须指出,尽管一些菲律宾地图可能包括了黄岩岛,但是更多的地图却没有把黄岩岛画在菲律宾境内,至少我查阅的好几份美国1900年前后的菲律宾地图上都没有黄岩岛。这表明,菲律宾对于黄岩岛的认识并不是向一些国人所想象那样无知,但是也没有充分证据能够说明菲律宾当时对黄岩岛的主权。
菲律宾面临最大的问题是:在几份关键性的文件上,黄岩岛都没有归入菲律宾的领土范围内。这些文件包括:1898年的巴黎条约(Treaty of Paris),这份条约规定了西班牙把菲律宾(和波多黎各等地区)割让于美国;1900年华盛顿条约(Treaty of Washington),这份条约进一步界定了西班牙割让的菲律宾的具体界限;1930年的美英会谈(Convention between the United States and Great Britain),这份条约界定了美属菲律宾和英属婆罗乃之间的海上边界;1935年菲律宾宪法;1961年共和国3046号法令(Republic Act No. 3046 "Act to Define the Baselines of the Territorial Sea of the Philippines")等。这些条约和法令以明确经纬度和折线的形式都详细地列明了菲律宾的地界。黄岩岛都不在这些地界之内。
在1994年以来,中国的无线电爱好者在一个国际组织国际业余无线电协会(International Amateur Radio Union)的旗帜下曾经几次登陆黄岩岛,这被一些人视为中国对黄岩岛统治的根据。值得指出的有三点:第一,这个国际业余无线电协会只是一个业余性质的协会,并无任何官方的成分;第二,这几次登陆都是国际联合行动;第三,这几次登陆都受到了菲律宾巡逻船只的阻挠,这正表明菲律宾实际控制了附近一带的海域。在中国媒体中也承认了当时菲律宾是实际控制了黄岩岛这一点。
菲律宾对黄岩岛主权的正式声明始于1997年。当时菲律宾外交部长西瓦松(D. Siazon, Jr)声明黄岩岛是菲律宾和中国在南海领土争议的新问题(Scarborough Shoal is a new issue on overlapping claims between the Philippines and China.”)。同年,他再次声明,菲律宾维持黄岩岛为本国的领土(“we maintain that the Scarborough Shoal is part of our territory”)。自始,黄岩岛的争议从一种私下的默契变成了公开。